La Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) está en el centro de una nueva controversia por las demoras en sus investigaciones, el costo de su estructura administrativa y las garantías judiciales de los integrantes de la Fuerza Pública que no aceptaron responsabilidad en los hechos investigados. Uno de los principales cuestionamientos tiene que ver con los plazos para llevar a juicio a los comparecientes. Según los señalamientos, la Procuraduría habría advertido desde 2025 sobre retrasos que podrían dificultar el desarrollo oportuno de la fase adversarial, en la que se juzga a quienes no reconocieron responsabilidad. La preocupación radica en que los expedientes deben pasar de la Sala de Reconocimiento de Verdad a la Unidad de Investigación y Acusación (UIA), encargada de formular las acusaciones. De acuerdo con las críticas, mientras algunos procesos continuarían pendientes de remisión, la JEP habría proyectado enviar expedientes hasta 2027 y 2028, lo que pondría presión sobre los tiempos de investigación y juzgamiento.
Otro foco de controversia es la creación, en 2023, de 36 cargos de magistrados auxiliares itinerantes, destinados a contribuir a la agilización de los procesos. Según las cifras expuestas por los críticos, cada cargo tendría un costo promedio de 40 millones de pesos mensuales, lo que representaría alrededor de 17.280 millones de pesos al año. La discusión se centra en si esos recursos han producido resultados proporcionales a la inversión. También existen cuestionamientos sobre la participación de magistrados en distintas salas y la posibilidad de adelantar actuaciones investigativas de manera concurrente. Para los críticos, estas prácticas podrían generar dudas sobre la separación de funciones y la imparcialidad en los procesos contra miembros de la Fuerza Pública. Los señalamientos advierten que los militares que decidieron defender su inocencia podrían quedar sometidos a procedimientos acelerados si los plazos continúan acumulando retrasos. No obstante, establecer si hubo vulneraciones al debido proceso requiere examinar las decisiones judiciales y las normas aplicables a cada caso.
La controversia deja una pregunta de fondo: ¿está la JEP cumpliendo con los tiempos y las garantías que exige la justicia transicional, o las fallas de gestión podrían comprometer el derecho de los comparecientes a un juicio justo? La respuesta exige explicaciones claras sobre los avances de los macrocasos, el uso de los recursos públicos y las medidas adoptadas para proteger la imparcialidad judicial.